С образованием органов Следственного комитета Российской Федерации по Пермскому краю Сергей Юрьевич занимал должность заместителя руководителя отдела по расследованию особо важных уголовных дел, а с августа 2009 года являлся руководителем отдела по расследованию особо важных дел о преступлениях против государственной власти и в сфере экономики. В 2009 был назначен заместителем руководителя Следственного управления СКР по Пермскому краю. С 2011 года занимал должность первого заместителя руководителя Следственного управления Следственного комитета Российской Федерации по Иркутской области.